Laureato all'Università di Bologna, Gian Paolo Brizzi si è dedicato presso questa Università all'attività didattica e scientifica fino al 1986, dapprima come borsista e assistente, poi come professore associato di Storia moderna. Professore ordinario nella medesima disciplina nell'Università di Sassari, Facoltà di Lettere (1886-1996), si è trasferito nell'Università di Bologna, dapprima presso la Facoltà di Conservazione dei Beni culturali (sede di Ravenna), quindi presso la Facoltà di Lettere.
Rappresenta l'Italia nell'International Commission of the History of Universities, è Segretario generale del Centro interuniversitario per la storia delle università italiane (Cisui). Ha partecipato ed ha diretto progetti d' interesse nazionale (Firb, Prin).
E' direttore del Centro di servizi scientifici e didattici "Archivio storico dell'Alma Mater"; dirige la rivista "Annali di storia delle università italiane". Membro del comitato scientifico delle riviste "Cuadernos del Instituto Antonio de Nebrija de Estudios sobre la Universidad", "Quaderni di storia dell'università di Padova". Dirige dal 2009 il Dipartimento di Discipline storiche, antropologiche e geografiche dell'Università di Bologna.